Bactérias patogênicas, como salmonela, podem causar doenças em pets e em seres humanos, além de causar atrasos, custos adicionais e a dor de cabeça de lidar com recalls, no caso de fabricantes de pet food. A proteção contra bactérias é particularmente importante durante o processo de rendering e nas matérias-primas, especialmente ao usar ingredientes como carne de frango crua, subprodutos de ruminantes (como carne bovina ou de cordeiro) e ovos.

Organismos de deterioração, como leveduras e fungos, presentes em nosso ambiente, podem reduzir a vida útil de um produto e prejudicar sua palatabilidade. Os fabricantes de pet food devem se proteger contra esses perigos, para reduzir o risco de leveduras e fungos no produto final.

Matérias-primas contaminadas também podem causar problemas na linha de produção, tornando o uso de antimicrobianos imperativo desde o começo até o final do processo de produção (p.ex., no recobrimento dos kibbles).