Las bacterias patógenas como la salmonella pueden causar enfermedades tanto en mascotas como en humanos, lo que para los fabricantes de pet food también provocaría retrasos, costos adicionales y dolores de cabeza por el retiro de productos del mercado. La protección contra las bacterias es particularmente importante durante el procesamiento y en las materias primas, especialmente cuando se utilizan ingredientes como carne de ave cruda, subproductos de rumiantes (como carne de res o cordero) y huevos.

Los organismos de descomposición, como la levadura y el moho, que se encuentran en todo nuestro medioambiente, pueden acortar la vida útil de un producto y reducir su palatabilidad. Los fabricantes de pet food deben protegerse contra estos peligros para reducir el riesgo de problemas de levadura y moho en los productos terminados.

Las materias primas contaminadas pueden crear problemas en toda la línea de producción, lo que hace que el uso de antimicrobianos sea imperativo desde el principio y durante todo el proceso de producción (por ejemplo, en el recubrimiento de croquetas).