Des bactéries pathogènes, telles que la salmonelle, peuvent rendre malades à la fois les animaux de compagnie et les humains, entraînant de ce fait des retards et des coûts supplémentaires, sans compter le désagrément que représentent les rappels de produits pour les fabricants d’aliments pour chiens et chats. La protection contre les bactéries est particulièrement importante lors du processus d’équarrissage et dans les matières premières, surtout lors de l'utilisation d'ingrédients tels que la viande de volaille crue, les sous-produits de ruminants (tels que le bœuf ou l'agneau) et les œufs.

Les organismes responsables de la contamination, tels que les levures et les moisissures, présents dans notre environnement, peuvent raccourcir la durée de conservation d’un produit et réduire son appétence. Les fabricants d’aliments pour chiens et chats doivent se protéger contre ces menaces afin de réduire le risque de problèmes liés aux levures et aux moisissures dans les produits finis.

Les matières premières contaminées peuvent créer des problèmes tout au long de la chaîne de production, rendant indispensable l’utilisation d’antimicrobiens dès le début et tout au long du processus de production (par exemple, dans l’enrobage des croquettes).